A história de Baixo Guandu está diretamente ligada ao pioneirismo que marcou o começo do século XX na região do Vale do Rio Doce. Os trilhos do primeiro trem chegaram em 1907 e somente a partir daí as atividades econômicas foram intensificadas. A madeira abundante era retirada e levada pelos comboios à Capital.
Segundo depoimento de bandeirantes e viajantes que percorreram o baixo do Rio Doce desde a segunda metade do século XIX até os meados do século passado, os índios botocudos filhos da terra eram senhores da região compreendendo entre o Rio Doce e o Rio São Mateus.
Os colonos estrangeiros se estabeleceram no Vale do Guandu e outros no ribeirão do Lage. Em ambas as margens, há, ainda hoje, sinais marcantes da herança europeia no município.
Como se tivesse havido o desejo de reparar a supressão do Distrito de Baixo Guandu, o Presidente Henrique da Silva Coutinho criou a colônia em 1905, compreendendo esta área não legítima do Vale do Guandu, até os limites com o município de Afonso Cláudio e com Minas Gerais. Repartida e doada a porção em lotes, estes foram vendidos aos colonos italianos, franceses e espanhóis neles lotados.
A colonização da região do atual município de Baixo Guandu tem início entre o final do século XVIII e começo do século XIX, período marcado pelas bandeiras que adentravam o interior brasileiro.
O lugar era um importante ponto de parada para os bandeirantes, oferecendo ótimos resultados de caça e, no leito do Rio Doce, pescado e água.
Conflitos entre os viajantes (muitos oriundos do Rio de Janeiro) e os índios botocudos, habitantes originais da região, eram constantes e para evitá-los criaram-se, no ano de 1800, os chamados "quartéis". Foram estes conflitos que fizeram com que fracassassem todas as tentativas governamentais de povoamento até meados da década de 1860.
Em 1859, criou-se a mando de Dom Pedro II o chamado Aldeamento do Mutum, situado na foz do Rio Mutum Preto, cujo objetivo era catequizar os indígenas, que pouco tempo mais tarde foi desativado devido à precariedade e a ataques dos próprios índios. Apesar disso, aos poucos os nativos passaram a se familiarizar com a civilização.
Na década de 1870 o lugar passou a ser ocupado por fluminenses de Cantagalo sob incentivo de José Vieira de Carvalho, que apostava nas riquezas naturais da região do Rio Doce e necessitava de terras novas onde aplicar sua atividade. Os fluminenses foram responsáveis pela criação de diversas colônias, onde floresciam culturas de cereais, cana de açúcar e, nas terras mais altas, o café.
Outro fator que favoreceu o desenvolvimento do lugar foi o fato de estar localizado no meio de uma das principais vias (por terra e por rio) que ligava o interior mineiro aos portos do litoral capixaba, sendo que em 1907 chega à localidade os trilhos da Estrada de Ferro Vitória a Minas (EFVM).
Também nesta época chegam os primeiros imigrantes, a grande maioria italianos.
O chamado Núcleo Colonial "Afonso Pena" foi repartido em lotes que foram vendidos aos italianos, franceses e espanhóis.
